Młody chłopak trafił pod opiekę znanego Kopiującego Ninja – Hatake Kakashi oraz do drużyny nr. 7 wraz z Sakurą Haruno i Sasuke Uchiha ( jak się później okaże jego najlepszym przyjacielem). Sasuke i Naruto rywalizowali ze sobą. Co chwilę się kłócili i dogadywali sobie. Naprawdę jednak bardzo się lubili i mieli do siebie szacunek. Świat shinobi rozpoczęli od głupich i prostych misji jak pomoc w zakupach czy w ogrodzie. Blondyn buntuje się temu i dostaje misje w Krainie fal gdzie pierwszy raz pokazuje swoje prawidziwe „ja” oraz moc Kyuubiego. Po powrocie z tej misji rozpoczął się egzamin na Chuunina. Pierwszą część czyli egzamin pisemny dzięki szczęściu zdał. Drugim etapem było przejście mordeczego lasu pełnego dzikich stworzeń i wrogich drużyn. W trzecim etapie zadziwił wszystkich, gdyż pokonał jednego z najlepszych Geninów w wiosce, do tego z silnym Byakuuganem – Nejim. Po tej wygranej nauczycielem blondyna zostaje wielki sannin (uczeń 3go Hokoage) – Yiraya. Nauczył go wiele technik takich jak Rasengan czy Kuchiyose no Jutsu (przywołania). Dzięki tej drugiej udało mu się pokonać Gaarę z pustyni, który był wtedy w postaci Shukaku. Sasuke widząc to uświadomił sobie, że aby spełnić swój życiowy cel( zabicie brata Itachiego) musi być silny, a on cały czas stoi w miejscu. Nie tak jak Naruto.

Z powodu, że ma w sobie Kyuubiego ( Lisa o 9 ogonach ) poluje na niego przestępcza organizacja – Akatsuki. Gdy po niego przyszło z pomocą przyszedł Yiraya i w ostaniej chwili uratował Naruto z rąk porywaczy. Po tym incydencie Yiraya postanowił dalej trenować chłopaka i przygotować go jakoś na ponowne, zapowiedziane spotkanie z Akatsuki. Przed tym jednak Naruto przeżył jeszcze wiele walk. Jedną z nich była walka 3 wielkich sanninów: Tsunade, Yiraya i Orochimaru, w której Naruto także bierze udział. To właśnie w niej udało mu się pierwszy raz, w pełni wykonać Rasengana. To właśnie po tej walce Tsunade daje mu naszyjnik 1go Hokage. Gdy wszyscy powrócili do wioski Sasuke postanowił upewnić się i udowodnić, że jest lepszy od Naruto. Dochodzi do kłótni i walki na dachu szpitala, która mogła się tragicznie skończyć lecz w ostatnim momencie interweniuje Kakashi. Tłumaczy Sasuke, że nie powinien używać śmiercionośnej techniki Chidori, której go nauczył przeciwko przyjaciołom. Po tej walce Sasuke Uchiha postanawia wyruszyć do przestępcy rangi S – Orochimaru, aby ziścić swoją zemstę na starszym bracie. Naruto to bardzo przeżywa i rusza w pogoń, aby uratować swojego najbliższego przyjaciela. Dochodzi do drugiej wielkiej walki, w której Naruto przybrał jedno ogonową formę Kyuubiegi, a młody Uchiha aktywuje drugi poziom swojego Sharingana oraz przybiera 2 poziom Przeklętej Pieczęci. Ostatecznie Uchiha mógł wygrać walkę zabijając Naruto i w ten sam sposób posiąść wielką siłę – Mangekyou Sharingan, jednakże więź jaka go łączyła z blondynem była zbyt silna.

Po wielu misjach ponownie wyruszał na trening z Yirayą, tym razem na 3 lata. Po treningu charakter chłopca zmienił się. Stał się także wyższy i silniejszy. Pierwszą misją lub raczej ratunkiem była pogoń za Gaarą. W końcu udało im się go odebrać Akatsuki, lecz Gaara już był martwy. Wzbudziło to znowu Kyuubiego w Naruto i przybrał 2-ogonową formę. Gaarę ożywia Chiyo-basama za cenę własnego życia. Przyjaciele ponownie spotykają się w kryjówce Orochimaru. Niestety nie udaje im się odzyskać przyjaciela. Nie pozostaje nam nic innego jak oglądać postępów Naruto...